Kao i sve druge nuklearne elektrane i Nuklearna elektrana Krško svojim radom proizvodi radioaktivni otpad. Sav radioaktivni otpad nastao od puštanja u rad nuklearne elektrane još uvijek se zbrinjava na lokaciji same elektrane.
Nisko i srednje radioaktivni otpad skladišti se u privremenom skladištu do puštanja u rad hrvatskog i slovenskog rješenja za zbrinjavanje radioaktivnog otpada. Brojnim postupcima elektrana brine o smanjenju volumena, sigurnom skladištenju i zaštiti ljudi i okoliša od ionizirajućeg zračenja.
Gorivni elementi koji su dosegli tehničku i ekonomsku granicu iskorištenja, odnosno ING, skladišti se u krugu elektrane u posebnoj zgradi u bazenu za istrošeno gorivo. Istrošeno gorivo skladišti se u bazenu dimenzija 16x8x12 m kapaciteta 1694 istrošena gorivna elementa. U ovom bazenu dubokom 8 metara štit od zračenja i sredstvo hlađenja gorivnih elemenata je voda kojoj je dodana borna kiselina što osigurava dobru zaštitu od zračenja. U bazenu se za hlađenje vode koriste izmjenjivači topline i pumpe. Nakon pet godina skladištenja u mokrom skladištu, ING-u se toplina i zračenje smanje na razinu dovoljnu za suho skladištenje.
NEK je 2023. godine izgradio i pustio u rad suho skladište ING-a, te krenuo s premještanjem skladišnih spremnika (caskova) s ING-om u novoizgrađenu zgradu za suho skladištenje. Istrošeno gorivo će se i dalje iz reaktorske jezgre neposredno nakon zamjene goriva pet godina skladištiti u mokrom skladištu (bazenu), a nakon toga kroz više kampanja premještati u suho skladište.
Uspostavom suhog skladišta omogućeno je produljenje pogonskog vijeka elektrane te sigurno skladištenje istrošenog nuklearnog goriva po potrebi narednih 100 godina.
Trajna rješenja konačnog odlaganja radioaktivnog otpada odgovornost su Slovenije i Hrvatske, a nadležne su slovenska Agencija za radioaktivni otpad (ARAO) i hrvatski Fond za financiranje razgradnje i zbrinjavanja radioaktivnog otpada i istrošenoga nuklearnog goriva Nuklearne elektrane Krško.
